Layanan Bimbingan dan Konseling dilakukan melalui 2 metode. Yang pertama adanya Biro Layanan Psikologi (BLP) bertujuan memberikan layanan konseling psikologi bagi mahasiswa dan umum, baik atas dasar keinginan sendiri maupun bentuk rekomendasi dari Prodi yang dilayani oleh psikolog UNISA Yogyakarta. Adapun layanan yang diberikan berupa asesmen yang mencakup observasi, wawancara dan tes (intelegensi, kepribadian dan lainya). Selain itu, layanan Bimbingan dan Konseling juga dilakukan oleh Dosen Pembimbing Akademik yang dilaksanakan minimal 4 kali pertemuan setiap semester atau sesuai kebutuhan. Kegiatan pembimbingan didokumentasikan dalam lembar bimbingan.
